Zbiór rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej wzrastał wraz z uniwersytetem. Zasadniczy jego trzon stanowią dzieła naukowe dokumentujące pracę badawczą i dydaktyczną Uniwersytetu Jagiellońskiego od początku jego istnienia. Są to podręczniki, wykłady profesorskie, studenckie notatki z wykładów, wreszcie biblioteki profesorskie testamentarnie przekazywane bibliotece. Obok dzieł mających związek z dydaktyką są to głównie traktaty naukowe reprezentujące wszystkie cztery wydziały Uniwersytetu w XV wieku, powstałe w Krakowie lub przywiezione z innych ośrodków akademickich. Ich zawartość świadczy o szczególnym znaczeniu szkoły krakowskiej dla rozwoju nauki w średniowieczu i renesansie. Jest to dokumentacja zarówno dokonań intelektualnych, jak i wkładu uczonych krakowskich w kulturę europejską tamtych czasów.

Należy do nich na pewno Commentariolum super. ťTheoricas novas Ť Georgii Peurbachii in Studio generali Cracoviensi ... corrogatum Wojciecha z Brudzewa (zm. 1495). Jest to dzieło polemizujące z tradycyjnymi metodami astronomicznymi, powstałe w 1483 roku. Wojciech z Brudzewa poddał w nim w wątpliwość przyjmowane dotąd w astronomii teorie ekscentryków, epicyklów i ekwantów, a przez to, choć autor pozostaje jeszcze wyznawcą geocentryzmu, jego poglądy stanowią krok na drodze stworzenia heliocentrycznej wizji świata. Księga rękopiśmienna to odpis z 1493 roku (sygn. BJ rkp 2703).

Można wskazać co najmniej trzech uczonych drugiej połowy XV wieku, którzy równocześnie z ojcem kartografii polskiej, jak się zwykło określać Bernarda Wapowskiego, prowadzili badania w dziedzinie geografii. Byli to Piotr Gaszowiec z Łoźmierzy Polskiej (ok. 1430-1474), który przy swoich obserwacjach astronomicznych prowadził prace nad obliczaniem długości geograficznej, Jan z Głogowa (ok. 1445-1507), który na swoim egzemplarzu Kosmografii Ptolemeusza zostawił niewielki traktat geograficzny z oznaczeniami odległości, wyznaczaniem południków i równoleżników, współrzędnych geograficznych Krakowa itp., Maciej z Miechowa (1457-1523), lekarz, geograf i historyk, który najprawdopodobniej zaznajamiał Wapowskiego z zagadnieniami geografii Sarmacji.

Bernard Wapowski (ok. 1450 lub 1470-1535), kanonik krakowski, historiograf i sekretarz króla Zygmunta I Starego, był bez wątpienia najwybitniejszym kartografem polskim XVI wieku. W 1506 roku rozpoczął w Rzymie, wraz z Markiem z Beneventu, prace nad aktualizacją mapy Mikołaja z Kuzy z 1491 roku. W roku 1507 współpracował tamże przy aktualizacji mapy środkowej Europy w wydaniu Geografii Klaudiusza Ptolemeusza. Jego zasługą jest uzupełnienie o blisko 100 nazw liczby miejscowości w nowym wydaniu tej mapy.

W zbiorach rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej licznie reprezentowane są nauki medyczne. Wielką popularnością cieszył się obszerny podręcznik medycyny Tomasza z Wrocławia, biskupa Sarepty. Jego dzieła weszły do Biblioteki wraz z książkami Macieja z Miechowa, Andrzeja Grzymały z Poznania czy Jana z Pawii, Włocha, rektora uniwersytetu krakowskiego i dziekana Wydziału Medycyny w 1432/33 roku.

Spośród wielu wybitnych nazwisk wyróżnić można Jana Elgota, wybitnego stylistę. Najwybitniejszymi polskimi prawnikami XV wieku byli Stanisław ze Skarbimierza i Paweł Włodkowic. Stanisław ze Skarbimierza (1360-1431), prawnik, filozof, teoretyk prawa międzynarodowego, profesor i pierwszy rektor w 1400 roku, jest twórcą pierwszego w literaturze światowej systematycznego wykładu prawa wojny, który zawarł w kazaniach De bellis iustis i De rapina. Tym samym stał się prekursorem międzynarodowego prawa narodów, stworzył bowiem pierwszą prawną definicję i uzasadnienie wojny sprawiedliwej.

W trudnym okresie schizmy, datującej się od wyboru papieża awiniońskiego w 1378 roku, zaczynają się odzywać tendencje koncyliarystyczne, dążące do przywrócenia jedności w kościele. Na soborach w XV wieku - w Konstancji i Bazylei Polacy odegrali istotną rolę jako zwolennicy koncyliaryzmu.

W Bazylei odczytane zostały dwa traktaty o wyższości soboru nad papieżem - Tomasza ze Strzempina (1398-1460) i Benedykta Hessego z Krakowa (zm. 1456). Autorami innych traktatów na ten sam temat byli Jan Elgot, Jakub z Paradyża, Benedykt Hesse i Wawrzyniec z Raciborza. Przemówienia członków delegacji Uniwersytetu zawiera rękopis BJ sygn., 1217 z lat 1420-1441.